局机关科室
| 办公室（离退休干部工作科） | 运行管理科 |
| 人事科 | 水资源管理科 |
| 财务科（内部审计科） | 政策法规与监督科 |
| 机关党委 | 农村水利与水土保持科 |
| 规划计划科 | 水利工程建设科（河长制工作科） |
局属事业单位
| 市河湖事务中心 | 市节约用水事务中心 |
| 鲇鱼山水库事务中心 | 市水库移民安置服务中心 |
| 泼河水库事务中心 | 市水利综合执法支队 |
| 市水旱灾害防御中心 | 市水利勘测设计院 |
| 市水利工程事务中心 |
（2023年6月更新）
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